В Edubuntu файловым менеджером является Nautilus, он обеспечивает навигацию по файловой системе, перемещение, удаление и создание новых файлов пользователем. Многофункционален, функциональность может быть расширена за счет дополнительных скриптов. Является приложений среды Gnome и интегрирован с ней.